SepekovV roce 1194 zdědil Sepekov Vítek, syn Vítka z Prčice, který se psal ze Sepekova. První písemní zmínka o vsi pochází z roku 1243. Za účast na odboji proti králi Václavu II. byl Sepekov Vítkovcům odebrán a vrácen byl teprve v roce 1307, ovšem již jiné rodové větvi, Rožmberkům. Těm panství patřilo až do roku 1484, kdy jej prodali Zdeslavovi ze Sternberga. V roce 1530 koupili Sepekov Švamberkové a připojili jej k milevskému panství. V roce 1581 se stali majiteli Hodějovští z Hodějova a po pobělohorské konfiskaci jejich majetku Královská kanonie premonstrátů v Praze na Strahově, jejíž součástí byl Sepekov až do konce patrimoniální správy v roce 1848.
